กลุ่มเป้าหมายพิเศษ โครงการตามพระราชประสงค์และโครงการตามพระราชดำริ มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้
1. สนับสนุนการดำเนินงานของคณะกรรมการโครงการหมู่บ้านสหกรณ์ จังหวัดเชียงใหม่ และคณะกรรมการโครงการหมู่บ้านสหกรณ์ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ และจังหวัดเพชรบุรี
2. พัฒนาศักยภาพสมาชิกในพื้นที่โครงการหมู่บ้านสหกรณ์ฯ จังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ และจังหวัดเพชรบุรี
3. บูรราการความร่วมมือร่วมกับภาคีเครือข่ายในการพัฒนาสังคมและจัดสวัสดิการสังคมแก่สมาชิกโครงการ
4. ดำเนินการใช้ประโยชน์ที่ดิน ตามระเบียบว่าด้วยการจัดการที่ดินและการใช้ประโยชน์ในที่ดินโครงการหมู่บ้านสหกรณ์
5. กำกับดูแลกิจการของน้ำพุร้อนอำเภอสันกำแพง จังหวัดเชียงใหม่
6. ส่งเสริมและสนับสนุนการดำเนินงานโครงการหลวง และโครงการขยายผลโครงการหลวงร่วมกับมูลนิธิโครงการหลวงสถาบันวิจัยและพัฒนาบนพื้นที่สูง (องค์การมหาชน) และเครือข่าย
7. จัดทำข้อมูลสารสนเทศของสมาชิกในพื้นที่โรงการหมู่บ้านสหกรณ์ฯ
8. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นๆที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย
กลุ่มโครงการพระดำริ มีอำนาจหน้าที่ดังนี้
1. พัฒนารูปแบบแนวทาง และส่งเสริมการดำเนินงานโครงการพระดำริ
2. วางแผนดำเนินงาน ประสานการดำเนินงานโครงการพระดำริกับทุกภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง
3. ติดตามประเมินผลและเผยแพร่ ประชาสัมพันธ์การดำเนินงาน
4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นๆที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย